Como de praxe, o jogador começa apenas com um navio e alguns recursos. Apesar disso, a cidade estabelecida pode assumir proporções gigantescas, semelhantes às de certas metrópoles dos tempos antigos. As principais tarefas envolvem diretamente a administração de recursos e construções e o gerenciamento estratégico da população.
Diferentes regiões e civilizações aparecem nesta edição de Anno. Desde povos europeus até temíveis cidadãos mediterrâneos, todos têm necessidades específicas e precisam ser atendidos. Somente assim o jogador tem a possibilidade de realizar decisões mais arriscadas, como o aumento das taxas de impostos.